Transformers: Universe..

Unicron Trilogy (2002-2006)

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Transformers: Armada, Transformers: Energon, dan Transformers: Cybertron

Logo dari Decepticons.

Tiga buah serial baru, yang kemudian disebut sebagai Unicron Trilogy oleh salah satu kreator Transformers, Aaron Archer.^[16] Ketiga serial tersebut adalah, Armada, Energon, dan Cybertron. Serial ini merupakan serial produksi bersama Hasbro (AS) dan Takara (Jepang), dan karena itulah, serial ini dirilis secara bersamaan di dua negara tersebut.

Armada mengisahkan tentang Autobots dan Decepticons yang menemukan Mini-Cons di Bumi, dengan beberapa diantaranya merupakan senjata dari Unicron. Energon diset 10 tahun kemudian, dengan Autobots yang menghentikan usaha Decepticons dari kebangkitan Unicron dengan energon.
Lagi-lagi perbedaan muncul di Jepang, ketika Transformers: Cybertron muncul berbeda dengan versi AS. Ini menyebabkan perbedaan mendasar ketika Hasbro menjual serial Cybertron sebagai kelanjutan dari Armada dan Energon. Beberapa plot diganti oleh pihak Jepang, namun intinya masih sama, meneruskan cerita seputar Unicron.
Satu pertanyaan mungkin muncul di kepala kita, kenapa di sebut Unicron Trilogy? Karena di ketiga serial tersebut hampir semuanya menceritakan tentang Unicron. Bahkan dengan tidak memasukan unsur cerita di G1, Unicron adalah tokoh utama yang sepak terjang kejahatannya sama dengan yang di G1, sebagai pemakan planet dan penghancur planet.
Jika di versi G1 komiknya didominasi oleh Marvel, maka di versi serial ini, Dreamwave Productions menjadi penerbit resmi komik Transformers. Pertama adalah Armada yang dibuat dalam 18 seri, dengan cerita yang berbeda dengan versi serial TV. Kemudian mulai edisi 19 pihak Dreamwave menyebutnya sebagai Energon. Sayangnya Dreamwave keburu bangkrut, sampai-sampai cerita yang dibuat tidak sampai 30 edisi. Namun beberapa fans menyebut edisi-edisi terakhir komik Dreamwave sebagai era Transformers: Cybertron.^[17]

The Universe (2003-2006)

Diset sebagai lanjutan dari Beast Machine dan disisipi pula beberapa alur cerita dari Robots in Disguise, dengan beberapa karakter yang sama (seperti misalnya Optimus Prime) dan beberapa karakter-karakter yang baru. Ceritanya tertuang dalam bentuk buku komik yang tidak jelas akhir ceritanya, dan kini ada di Klub Kolektor Transformers yang resmi.